中國水產科學研究院東海水產研究所創建于 1958 年 10 月，是我國三大海區中面向東海的國家綜合性漁業研究機構，現隸屬于農業部中國水產科學研究院。建所 50 多年來，為我國漁業經濟的發展做了大量開創性工作，取得了一大批科研成果。自 1978 年全國科技大會以來，先后獲得國家各級科技獎勵 200 多項，其中，國家級科技獎勵 19 項，省部級科技獎勵百余 項，突出體現了科技作為第一生產力的良好社會效益和經濟效益。

　　全所現有科技人員 200 余人，研究員 30人、副研究員 57 人；博士生導師 3 人、碩士生導師 32人；國家新世紀百千萬人才工程國家級人選 2人、中國水產科學研究院首席科學家 3 人；農業部有突出貢獻的中青年專家 5 人，享有國務院政府特殊津貼的專家 29人。

　　2003 年，以較強的科技實力進入國家科技創新體系（國家非營利性科研機構），主要研究領域是資源保護及利用、捕撈與漁業工程、遠洋與極地漁業資源開發、生態環境評價與保護、生物技術與遺傳育種、水產養殖技術、水產品加工與質量安全、漁業信息及戰略研究。

　　2005 年，通過了中國質量體系認證中心 ISO9001 ： 2000 質量管理體系認證，取得了包括海洋水產科研項目（設計、開發）、科技成果轉化的質量管理系統認證證書，成為我國漁業科研系統第一個進入 ISO9001 質量管理體系的單位。

　　2006 年，經中華人民共和國人事部和全國博士后管理委員會批準，建立了“東海水產研究所博士后科研工作站”。

　　2008 年，經上海市學位委員會、上海市科教技教育委員會等 9 部門批準，我所成為“上海研究生聯合培養基地”。